秘卷的选择直接影响战斗效率和胜负结果。攻击型秘卷如水遁·水冲波和风遁·风沙阵具有高伤害和强控场能力，前者在墙角可打出4连击效果，后者改版后吸附能力极强，能有效限制对手走位。防御型秘卷如冰遁·冻雪可提供自我保护，100%冰冻效果对霸体忍者有显著克制作用，而通灵·手里剑护身则适合新手，其持续时间和打断效果在混战中表现突出。
战术型秘卷如木遁·扦插之术属于强控类，可暂时控制霸体忍者创造输出机会，解术散则能直接破除霸体效果并具备范围攻击特性。这两种秘卷在对抗高战力对手时尤为重要，尤其当己方忍者缺乏抓取技能时，扦插能弥补战术短板。气旋秘卷虽为新兴选择，但因其持续时间长且附带未标注的30%提速效果，已成为反手和控场的优选。
近战型忍者如李洛克杜门适合搭配霸体类秘卷增强突进能力，而消耗型忍者如宇智波鼬则更适合限制走位的风遁·真空波或雷遁·雷电击。远程起手型忍者如死水（波风水门）携带霸体可强化标记位移战术，缺乏抓取技能的照美冥则需依赖扦插秘卷对抗霸体。专属秘卷如幻术·此处非之术等需特定忍者触发，在要塞战中价值有限。
由于战斗不重置状态且无战力平衡机制，高爆发秘卷更受青睐。连胜积分机制下，建议在血量危险时主动退出战斗避免送分。匹配到要塞守卫时虽可稳定得分，但会终结连胜记录，需权衡利弊。组织协作中，分散攻击多个要塞并最大化单要塞积分，比集中火力更利于资源分配。
秘卷的冷却时间和释放时机需要精确把控。八连火等分段强化型秘卷需计算叠加层数，雷电击受击释放的特性可反制突进。真空波的多段龙卷生成需预判走位，而水龙卷与风遁·压害的组合能形成属性联动伤害。避免无脑释放秘卷，特别是在对手替身术冷却期间，保留关键控制技能应对反打。
最终选择需综合战力、忍者特性和战场角色。高战玩家可侧重输出型秘卷快速清场，中低战建议以控制或生存类秘卷辅助队友。担任主力输出时应携带扦插等创造爆发窗口，而支援位更适合风沙阵等控场秘卷。定期调整秘卷搭配以适应战场变化，通过实战测试不同组合的有效性。
