辐射避难所的主控室通常位于电梯负三层左侧区域，这是进行房间布局调整的核心功能区。玩家需要通过电梯向下移动三层，在左侧空间找到主控室入口。该位置设计符合游戏内建筑层级逻辑，既便于全局管理又避免与生产区域冲突。主控室界面包含重构按钮，点击后即可进入避难所结构调整模式，但需注意单机版本可能不包含此功能。
主控室的核心功能在于重构避难所布局。进入界面后，玩家可选中任意房间进行位置调整，但必须遵守两个基本规则：一是仅能移动出现锤子图标的可调整区域，二是房间类型与尺寸需符合目标位置的建造规范。电力设施不可与居住区混置，训练室需保持独立空间，这些限制条件在主控室操作时会有明确提示。重构完成后需手动保存，未保存的调整将自动回滚至原始状态。
使用主控室时需考虑避难所防御体系。将主控室置于深层可降低被死爪或匪帮直接攻击的风险，但过深的布局会导致灾害响应效率下降。建议在主控室相邻楼层设置装备仓库和医疗站，便于快速调配防御资源。主控室所在层应避免存放贵重物资，防止因布局调整引发的连锁灾害造成额外损失。
每层需保留至少一个电梯单元确保人员调动效率，但电梯过多会挤占生产空间。主控室所在层建议采用双电梯结构，左侧电梯直达主控室，右侧电梯连接资源生产区。这种设计既能保证紧急状况下的快速支援，又能维持日常资源采集效率。
操作主控室前应完成三项准备工作：清空待移动房间内的居民，确保电力储备超过当前需求的150%，暂停所有外出探险任务。重构过程中若发生电力中断，可能导致房间功能异常甚至居民卡死。主控室本身不消耗电力，但调整后的新布局可能改变整体耗电结构，需重新核算资源平衡。
